Порядок обжалования регламентируется главой 22 Кодекса административного судопроизводства Российской Федерации и главами 22 и 24 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации.
Проверяемые органы и организации и их должностные лица вправе в соответствии с частью 2 статьи 17 Федерального закона от 07.02.2011 № 6-ФЗ «Об общих принципах организации и деятельности контрольно-счетных органов субъектов Российской Федерации и муниципальных образований», частью 2 статьи 18 Закона Самарской области от 07.02.2011 № 86-ГД «О Счетной палате Самарской области и отдельных вопросах деятельности контрольно-счетных органов муниципальных образований Самарской области» обратиться с жалобой на действия (бездействие) Счетной палаты в Самарскую Губернскую Думу.